1967ല്‍ നടന്ന നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ കേവലം ഒമ്പത് സീറ്റുകള്‍ മാത്രമാണ് കോണ്‍ഗ്രസിന് ലഭിച്ചത്. നിയമസഭാ കക്ഷിയുടെ നേതാവായി അന്നു വരെ തൃശൂരില്‍ മാത്രം അറിയപ്പെട്ടിരുന്ന കെ കരുണാകരന് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. അംഗ സംഖ്യ കുറവായിരുന്നുവെങ്കിലും സഭയ്ക്കുള്ളില്‍ ശക്തമായ പ്രതിപക്ഷമായി പ്രവര്‍ത്തിക്കാന്‍ അദ്ദേഹത്തിന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ കോണ്‍ഗ്രസിന് കഴിഞ്ഞു. ഏതാണ്ട് ഇതേ കാലയളവിലാണ് വയലാര്‍ രവി, എം.എ.ജോണ്‍, എകെ ആന്റണി, ഉമ്മന്‍ചാണ്ടി എന്നിവരുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ കെഎസ്‌യുവും യൂത്ത് കോണ്‍ഗ്രസും കേരളത്തിലെ വിദ്യാര്‍ഥികളുടെയും യുവാക്കളുടെയും ഇടയില്‍ വലിയ സ്വാധീന ശക്തിയായി മാറുന്നത്. 1969ല്‍ കോണ്‍ഗ്രസ് അഖിലേന്ത്യാ സമ്മേളനത്തില്‍ ഇന്ദിരാഗാന്ധിക്ക് ശക്തമായ പിന്തുണ നല്‍കിയത് കെഎസ്‌യു- യൂത്ത് കോണ്‍ഗ്രസ് വിഭാഗങ്ങളാണ്. അതു തന്നെ ചില സന്നിഗ്ദ്ധതകള്‍ക്ക് ശേഷം. കരുണാകരനും ഇന്ദിരയ്ക്കൊപ്പം നിലയുറപ്പിച്ചു. ഇന്ദിരാഗാന്ധി ബാങ്ക് ദേശസാത്കരണം, പ്രിവി പേഴ്സ് നിര്‍ത്തലാക്കല്‍ തുടങ്ങിയ ഇടതുപക്ഷ ആഭിമുഖ്യമുള്ള നയങ്ങള്‍ നടപ്പിലാക്കുന്ന കാലമായിരുന്നതിനാല്‍ സോഷ്യലിസത്തെ മുറുകെപ്പിടിച്ചിരുന്ന യുവജന വിഭാഗങ്ങളോടായിരുന്നു അവര്‍ക്ക് താല്‍പര്യം.
ഇഎംഎസിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സപ്തകക്ഷി മന്ത്രിസഭ തകര്‍ന്നപ്പോള്‍ സിപിഐയിലെ സി.അച്യുതമേനോന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ ബദല്‍ മന്ത്രിസഭ ഉണ്ടാക്കാന്‍ നേതൃപരമായ പങ്കുവഹിച്ച് കരുണാകരന് തന്റെ കഴിവ് തെളിയിച്ചു. ആ മന്ത്രിസഭയുടെ പതനത്തിന് ശേഷം 1970ല്‍ നടന്ന തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ കോണ്‍ഗ്രസ് മുന്നണിയിലെയും നിയമസഭയിലെയും ഏറ്റവും വലിയ ഒറ്റകക്ഷിയായി മാറിയെങ്കിലും മന്ത്രിസഭയില്‍ ചേരേണ്ടതില്ല എന്ന് കെഎസ് യു-യൂത്ത് കോണ്‍ഗ്രസ് നിലപാട് മൂലം അച്യുതമേനോന് പുറത്തുനിന്ന് പിന്തുണ നല്‍കി. പക്ഷെ താമസിയാതെ കോണ്‍ഗ്രസ് മന്ത്രിസഭയില്‍ ചേര്‍ന്നെങ്കില്‍ മാത്രമേ മന്ത്രിസഭയ്ക്ക് കെട്ടുറപ്പ് ഉണ്ടാവുകയുള്ളൂ എന്ന അഭിപ്രായം ഘടകക്ഷികളില്‍ ശക്തമായി. ഇടതുപക്ഷാഭിമുഖ്യം വെടിഞ്ഞ് അധികാര രാഷ്ട്രീയത്തിന്റെ സാധ്യതകള്‍ ഉപയോഗിക്കുന്ന രീതിയിലേക്കുള്ള ഇന്ദിരാഗാന്ധിയുടെ നിലപാടുമാറ്റവും കോണ്‍ഗ്രസിന് മന്ത്രിസഭയില്‍ പ്രവേശിക്കണമെന്ന് തീരുമാനമെടുക്കുന്നതില്‍ നിര്‍ണായകമായി. അങ്ങനെ കെ.കരുണാകരന് ഉള്‍പ്പടെ അഞ്ച് മന്ത്രിമാര്‍ കോണ്‍ഗ്രസിനെ പ്രതിനിധീകരിച്ച് അച്യുതമേനോന് മന്ത്രിസഭയില്‍ അംഗങ്ങളായി. അപ്പോഴേക്കും എ.കെ. ആന്റണി കെപിസിസി പ്രസിഡന്റ് ആയിരുന്നു.
ആഭ്യന്തര മന്ത്രിയായ കരുണാകരന് ക്രമേണ സര്‍ക്കാരിലും സംഘടനയിലും ശക്തനായി മാറി. മന്ത്രിമാരെ കെഎസ് യു -യൂത്ത് കോണ്‍ഗ്രസ് പരിപാടികളില്‍ പങ്കെടുപ്പിക്കില്ല എന്ന തീരുമാനം മന്ത്രിമാരും സംഘടനയും തമ്മില്‍ അകല്‍ച്ച സൃഷ്ടിച്ചു. കാര്യങ്ങള്‍ ഒരു പൊട്ടിത്തെറിയിലെത്തുന്നത് വനംവകുപ്പ് മന്ത്രിയായിരുന്ന കെ.ജി. അടിയോടിക്കെതിരെ കേരള കൗമുദി പ്രസിദ്ധീകരിച്ച വനംകൊള്ളയെ കുറിച്ചുള്ള റിപ്പോര്‍ട്ടുകളെ തുടര്‍ന്നാണ്. കേരളത്തില്‍ വ്യാപകമായി നടക്കുന്ന വനംകൊള്ളയില്‍ മന്ത്രിക്ക് പങ്കുണ്ടെന്നായിരുന്നു റിപ്പോര്‍ട്ട്. സര്‍ക്കാര്‍ കേരള കൗമുദിക്കെതിരെ അപകീര്‍ത്തിക്കേസ് കൊടുത്തു. മാധ്യമങ്ങള്‍ക്കെതിരെ കേസ് കൊടുക്കുന്നത് നല്ല കീഴ്‌വഴക്കമല്ലെന്ന് കെപിസിസി നിര്‍വാഹക സമിതി തീരുമാനിക്കുകയും കേസ് പിന്‍വലിക്കാന്‍ സര്‍ക്കാരിനോട് ആവശ്യപ്പെടുകയും ചെയ്തു. സര്‍ക്കാര്‍ കേസ് പിന്‍വലിച്ചെങ്കിലും പാര്‍ട്ടിയും മന്ത്രിമാരും തമ്മിലുള്ള കനത്ത ഭിന്നതയിലേക്കാണ് ഇത് നയിച്ചത്. ഇതോടുകൂടി കെ.കരുണാകരന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള മന്ത്രിമാരുടെ വിഭാഗവും എ.കെ. ആന്റണിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സംഘടനാ വിഭാഗവും വിരുദ്ധ ഗ്രൂപ്പുകളായി പ്രവര്‍ത്തനം ആരംഭിച്ചു.
1975 ജൂണ്‍ 25ാം തീയതി ഇന്ദിരാഗാന്ധി അടിന്തരാവസ്ഥ പ്രഖ്യാപിച്ചതോടെ ആഭ്യന്തരമന്ത്രിയായിരുന്ന കരുണാകരന് സര്‍വ പ്രതാപിയായി മാറി. അധികാരം എങ്ങനെ ഉപയോഗിക്കണം എന്ന് നല്ല ധാരണയുണ്ടായിരുന്ന അദ്ദേഹം പാര്‍ട്ടിയില്‍ തന്റെ സ്വാധീനം വര്‍ദ്ധിപ്പിക്കാന്‍ ശ്രമം ആരംഭിച്ചു. ഒട്ടേറെ ജില്ലാ കോണ്‍ഗ്രസ് കമ്മിറ്റി പ്രസിഡന്റുമാര്‍ അദ്ദേഹത്തോടൊപ്പം നിലയുറപ്പിച്ചു. വിദ്യാര്‍ഥി യുവജന വിഭാഗം ഏതാണ്ട് പൂര്‍ണമായി ആന്റണി ഗ്രൂപ്പിലായിരുന്നു. എ ഗ്രൂപ്പ് എന്നായിരുന്നു അറിയപ്പെട്ടിരുന്നതെങ്കിലും കോണ്‍ഗ്രസ് വര്‍ക്കിങ് കമ്മിറ്റി അംഗമായി കഴിഞ്ഞിരുന്ന വയലാര്‍ രവിയായിരുന്നു ഗ്രൂപ്പിന്റെ പ്രധാന ശക്തി. ഉമ്മന്‍ചാണ്ടി, കടന്നപ്പള്ളി രാമചന്ദ്രന്‍, പി.സി.ചാക്കോ, വി.എം. സുധീരന്‍, എം.എം. ഹസ്സന്‍, തിരുവഞ്ചൂര്‍ രാധാകൃഷ്ണന്‍ എന്നിവരായിരുന്നു ഗ്രൂപ്പിലെ പ്രമുഖര്‍. മന്ത്രിസഭയില്‍ കെ.ജി. അടിയോടിയും വെള്ള ഈച്ചരനും കരുണാകരനെ പിന്തുണച്ചപ്പോള്‍, വക്കം പുരുഷോത്തമനും പോള്‍ പി. മാണിയും ആന്റണി പക്ഷത്തായിരുന്നു. യുവജന നേതാക്കളില്‍ കെ. മുഹമ്മദാലിയും മുല്ലപ്പള്ളി രാമചന്ദ്രന്‍, ജി.കാര്‍ത്തികേയന്‍ തുടങ്ങി ചുരുക്കം ചിലയാളുകള്‍ മാത്രമാണ് കരുണാകരന് പിന്തുണ നല്‍കിയത്.
അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് ഇന്ദിരയും കരുണാകരനും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം ദൃഢമായി. ആദര്‍ശ പരിവേഷമുള്ള ആന്റണി വിഭാഗക്കാരെകൊണ്ടുള്ള പ്രയോജനം ഇന്ദിരക്ക് അവസാനിച്ചിരുന്നു. അവര്‍ക്ക് വേണ്ടിയിരുന്നത് അധികാരം ഉപയോഗിക്കാനറിയാവുന്ന കരുണാകരനെ പോലുള്ളവരെയായിരുന്നു. ഗോഹട്ടി എഐസിസി സമ്മേളനത്തില്‍വെച്ച് അടിയന്തരാവസ്ഥയെ വിമര്‍ശിച്ച് 'ഇവിടെ എന്തോ ചീഞ്ഞുനാറുന്നു' എന്ന് ആന്റണി പ്രസംഗിച്ചതോടെ ഇന്ദിരയുമായുള്ള അകല്‍ച്ച പൂര്‍ണമായി. അടിയന്തരാവസ്ഥയ്ക്ക് ശേഷം നടന്ന തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ ദേശീയ തലത്തില്‍ കോണ്‍ഗ്രസിന് വലിയ തിരിച്ചടി നേരിടുകയും കേന്ദ്രത്തില്‍ അധികാരം നഷ്ടപ്പെടുകയും ചെയ്തെങ്കിലും കേരളത്തില്‍ കോണ്‍ഗ്രസ് നയിച്ച ഐക്യമുന്നണി നൂറ്റിപ്പതിനൊന്ന് സീറ്റുകള്‍ നേടി വന്‍ വിജയം കൈവരിച്ചു. കെ. കരുണാകരന് മുഖ്യമന്ത്രിസ്ഥാനമേറ്റു. ഒരുമാസത്തിനകം തന്നെ കോഴിക്കോട് റീജിയണല്‍ എന്‍ജിനീയറിങ് കോളേജ് വിദ്യാര്‍ഥിയായിരുന്ന രാജന്റെ തിരോധാനം സംബന്ധിച്ച് അദ്ദേഹത്തിന്റെ പിതാവ് സര്‍പ്പിച്ച ഹേബിയസ് കോര്‍പ്പസ് ഹര്‍ജിയില്‍, വ്യാജ സത്യവാങ്മൂലം നല്‍കിയതിന് കരുണാകരന് വിചാരണ നേരിടണമെന്ന് ഹൈക്കോടതി വിധിച്ചു.
കരുണാകരന് മുഖ്യമന്ത്രിസ്ഥാനം രാജിവെക്കണമെന്ന് ആദ്യം ആവശ്യപ്പെട്ടത് കെഎസ്‌യു ആണ്. സമരങ്ങള്‍ തെരുവിലേക്ക് പടരാന്‍ കരുണാകരന് കാത്തുനിന്നില്ല. അദ്ദേഹം മുഖ്യമന്ത്രിസ്ഥാനം രാജിവെച്ചു. എഐസിസി നേതൃത്വത്തിന്റെ കര്‍ശന നിര്‍ദേശത്തെ മാനിച്ച് ആന്റണി മുഖ്യമന്ത്രി സ്ഥാനം ഏറ്റെടുത്തു. അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്തെ പൊലീസ് അതിക്രമങ്ങളുടെ കഥകള്‍ ഒന്നൊന്നായി പുറത്തു വന്നതോടെ അതിന്റെയല്ലാം ഉത്തരവാദിത്തം കരുണാകരന്റെ മേല്‍ ചാര്‍ത്തപ്പെട്ടു. അദ്ദേഹം കേരള രാഷ്ട്രീയത്തില്‍ അസ്പൃശ്യനായി മാറി. തുടര്‍ന്ന് നടന്ന കെപിസിസി പ്രസിഡന്റ് തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ ആന്റണി വിഭാഗത്തിന്റെ സ്ഥാനാര്‍ഥിയായി എസ്.വരദരാജന്‍ നായരും കരുണാകരന് വിഭാഗത്തില്‍നിന്ന് സി.എം. സ്റ്റീഫനും മത്സരിച്ചു. 97നെതിരെ 110 വോട്ടുകള്‍ നേടി വരദരാജന്‍ നായര്‍ വിജയിച്ചു.
ഈ ഘട്ടത്തിലാണ് 1978 ജനുവരി ഒന്നാം തിയതി കോണ്‍ഗ്രസ് വീണ്ടും അഖിലേന്ത്യാ തലത്തില്‍ പിളരുന്നത്. കേരളത്തില്‍ മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന എ.കെ.ആന്റണിയും എസ്. വരദരാജന്‍ നായരുടെയും നേതൃത്വത്തിലുള്ള കെപിസിസിയും അന്നത്തെ ഔദ്യോഗിക വിഭാഗമായ ബ്രഹ്‌മാനന്ദ റെഡ്ഡി- വൈബി ചവാന്‍ ഗ്രൂപ്പിനൊപ്പം നിലകൊണ്ടു. അടിയന്തരാവസ്ഥയുടെ ഉത്തരവാദിത്തം പൂര്‍ണമായും ഇന്ദിരാഗാന്ധിയുടെ മേല്‍ കെട്ടിവെച്ച്, അവരെ എതിര്‍ക്കുന്നതായിരുന്നു പ്രധാന ലൈന്‍. കെ കരുണാകരന്, കെ.ജി. അടിയോടി, ടി.എച്ച്. മുസ്തഫ, എം.പി. ഗംഗാധരന്‍, വെള്ള ഈച്ചരന്‍, എ.എ. റഹീം, എം.എം. ജേക്കബ്, മുല്ലപ്പള്ളി രാമചന്ദ്രന്‍, ജി.കാര്‍ത്തികേയന്‍ എന്നിവരായിരുന്നു ഇന്ദിരാഗാന്ധിയുടെ പക്ഷത്ത് നിലയുറപ്പിച്ച പ്രമുഖര്‍. ആദ്യം ഔദ്യോഗിക പക്ഷത്ത് നിയലുറപ്പിച്ച സി.എം. സ്റ്റീഫന്‍ പിന്നീട് ഇന്ദിരാഗാന്ധിയോടൊപ്പം ചേര്‍ന്നു. സജീവ രാഷ്ട്രീയത്തില്‍നിന്ന് വിട്ടുനിന്നിരുന്ന പ്രൊഫ. കെ.എം. ചാണ്ടി അധ്യക്ഷനായ ഇന്ദിരാ വിഭാഗം പുതിയ കെപിസിസി രൂപീകരിച്ചു. മുല്ലപ്പള്ളി രാമചന്ദ്രന്‍ ഇന്ദിരാവിഭാഗം യൂത്ത് കോണ്‍ഗ്രസ് പ്രസിഡന്റ് ആയും നിയമിക്കപ്പെട്ടു. ഇന്ദിര കോണ്‍ഗ്രസിനെ ഭരണകക്ഷിയില്‍ നിന്നും പുറത്താക്കി. പതിനെട്ടംഗങ്ങളുടെ പിന്തുണയോടെ കെ കരുണാകരന് നിയമസഭയിലെ പ്രതിപക്ഷ നേതാവായി.
അടുത്ത നാലു വര്‍ഷം ഇരുവിഭാഗവും രണ്ട് പാര്‍ട്ടികളായി പ്രവര്‍ത്തിച്ചു. 1980ല്‍ നടന്ന ലോക്സഭാ - നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പുകളില്‍ എ.കെ. ആന്‍ണി വിഭാഗം മാര്ക്സിസ്റ്റ് പാര്‍ട്ടിയോടൊപ്പം ഇടതുപക്ഷ ജനാധിപത്യ മുന്നണിയുടെ ഭാഗമായി. കോണ്‍ഗ്രസ് ഐയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ മുസ്ലീം ലീഗും, കേരള കോണ്‍ഗ്രസ് ജോസഫ് വിഭാഗവും ഉള്‍പ്പെട്ട ഐക്യജനാധിപത്യ മുന്നണി നിലവില്‍ വന്നു. ഇടതുപക്ഷ മുന്നണി നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ ജയിക്കുകയും ആന്റണി വിഭാഗം ഇ.കെ. നായരുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള മന്ത്രിസഭയുടെ ഭാഗമാവുകയും ചെയ്തു. പക്ഷെ അതിന് മുമ്പ് തന്നെ ഇന്ദിരാഗാന്ധി കേന്ദ്രത്തില്‍ അധികാരത്തില്‍ തിരിച്ചെത്തിയിരുന്നു. മാര്ക്സിസ്റ്റ് സഹവാസത്തില്‍ അസ്വസ്ഥരായ ഒട്ടേറെ നേതാക്കള്‍ ആന്റണി വിഭാഗത്തിലുണ്ടായിരുന്നു. വയലാര്‍ രവിയായിരുന്നു അവരില്‍ പ്രമുഖന്‍. ലോക്സഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ താന്‍ ചിറയിന്‍കീഴില്‍ പരാജയപ്പെട്ടത് മാര്ക്സിസ്റ്റ് പാര്‍ട്ടി കാലുവാരിയിട്ടാണെന്ന രവിയുടെ വിശാസമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ മാര്ക്സിസ്റ്റ് വിരോധത്തിന്റെ പ്രധാന കാരണം. എന്തായാലും ഈ വിഭാഗത്തിന്റെ ശ്രമഫലമായി 1981 ഒക്ടോബര്‍ മാസത്തില്‍ ആന്റണിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള കോണ്‍ഗ്രസ് മന്ത്രിസഭയും ഇടതുപക്ഷ മുന്നണിയും വിട്ടിറങ്ങി. പക്ഷെ പി.സി. ചാക്കോയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ 6 എംഎല്‍എമാര്‍ ഉള്‍പ്പെടെ ഒരുവിഭാഗം അഖിലേന്ത്യാ നേതൃത്വത്തോട് പിന്തുണ പ്രഖ്യാപിച്ച് കോണ്‍ഗ്രസ് (എസ്) എന്ന പേരില്‍ ഇടതുപക്ഷ മുന്നണിയില്‍ തുടര്‍ന്നു.
എണ്‍പത്തിരണ്ടിലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ ഐക്യജനാധിപത്യ മുന്നണി വിജയിച്ചു. കെ.കരുണാകരന് മുഖ്യമന്ത്രിയായി. എ വിഭാഗത്തില്‍നിന്നും വയലാര്‍ രവി ആഭ്യന്തര മന്ത്രിയായി. ഒരേ മുന്നണിയുടെയും സര്‍ക്കാരിന്റെയും ഭാഗമായതോടെ എ വിഭാഗത്തില്‍ ലയനദാഹം ശക്തമായി. കെ.കരുണാകരന് എതിര്‍പ്പ് പരസ്യമാക്കിയില്ല. പ്രധാനമന്ത്രിയുടെ പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന പി.സി. അലക്സാണ്ടര്‍ മുഖാന്തരമാണ് എ വിഭാഗം കരുക്കള്‍ നീക്കിയത്. കൊച്ചിയില്‍ നടന്ന ലയന സമ്മേളനത്തില്‍ ഇന്ദിരാഗാന്ധി പങ്കെടുത്തെങ്കിലും എ.കെ.ആന്റണിയുടെ പേര് പരാമര്‍ശിക്കാതിരിക്കാന്‍ അവര്‍ പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധിച്ചു. ലയനത്തിന് ശേഷം ഐ വിഭാഗത്തില്‍നിന്നുള്ള സി.വി.പത്മരാജന്‍ കെപിസിസി പ്രസിഡന്റായി. താമസിയാതെ എ.കെ. ആന്റണി എഐസിസിസി ജനറല്‍ സെക്രട്ടറിയുമായി. ഒരു പാര്‍ട്ടിയായതോടെ ഗ്രൂപ്പ് പോര് പുനരാരംഭിക്കാന്‍ അധികം കാത്തിരിക്കേണ്ടിവന്നില്ല. ഇത്തവണ കെഎസ്‌യുവിലായിരുന്നു തുടക്കം. പി.ടി. തോമസ് ആയിരുന്നു കെഎസ്‌യു പ്രസിഡന്റ്. ലയനത്തിന് ശേഷം എ വിഭാഗത്തിന് ലഭിച്ച ഏക അദ്ധ്യക്ഷ സ്ഥാനം കെഎസ്‌യുവിലായിരുന്നു.
അങ്കമാലി ലിറ്റിര്‍ ഫ്ളവര്‍ ഹോസ്പിറ്റലില്‍ ഓഫ്താല്‍മോളജി ബിരുദാനന്തര കോഴ്സ് അനുവദിക്കാനുള്ള സര്‍ക്കാര്‍ തീരുമാനത്തിനെതിരെ കെഎസയു സമരം പ്രഖ്യാപിച്ചു. സമരം പിന്‍വലിക്കണമെന്ന് കരുണാകരന് തോമസിനോട് ആവശ്യപ്പെട്ടു. പി.ടി. തോമസ് വിസമ്മതിച്ചു. ഡല്‍ഹിയിലുള്ള തന്റെ സ്വാധീനം ഉപയോഗിച്ച് കരുണാകരന് തോമസിനെ പ്രസിഡന്റ് സ്ഥാനത്തുനിനിന്ന് നീക്കി. ശരത്ചന്ദ്ര പ്രസാദിനെ പ്രസിഡന്റാക്കി. തോമസ് മാറുമ്പോള്‍ ആന്റോ ആന്റണിയെ പ്രസിഡന്റാക്കാം എന്ന കേന്ദ്ര നേതൃത്വത്തിന്റെ ഉറപ്പിനെ മറികടന്നായിരുന്നു കരുണാകരന്റെ നീക്കം. എ ഗ്രൂപ്പുകാര്‍ അപകടം മണത്തു. തങ്ങളുടെ വിഭാഗത്തെ സ്വാധീന കേന്ദ്രങ്ങളില്‍നിന്നും ഒഴീവാക്കാനും പാര്‍ട്ടിയില്‍ തന്റെ സമ്പൂര്‍ണാധിപത്യം ഉറപ്പിക്കാനുമുള്ള കരുണാകരന്റെ നീക്കമായി അവര്‍ ഇതിനെ വിലയിരുത്തി. സ്പീക്കറായിരുന്ന വി.എം. സുധീരനും ഗ്രൂപ്പ് പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളുടെ ഭാഗമായി. കാലാകാലമായി മുഖ്യമന്ത്രി വഹിക്കുന്ന നിമയസഭയുടെ പ്രിവിലേജ് കമ്മിറ്റി ചെയര്‍മാന്‍ സ്ഥാനത്തുനിന്നും അദ്ദേഹത്തെ നീക്കി, ഡെപ്യൂട്ടി സ്പീക്കറെ ആ സ്ഥാനത്തേക്ക് നിമയിച്ചത് വലിയ വിവാദമായി.
അടിയന്തരാവസ്ഥ കാലത്തെ പ്രതാപിയായ ആഭ്യന്തര മന്ത്രിയായിരുന്ന കരുണാകരന്, പൊലീസിന്റെ നിയന്ത്രണമില്ലാതെ മുഖ്യമന്ത്രിയായി തുടരുന്നുതിലെ വ്യര്‍ത്ഥത ബോധ്യമായി. പൊലീസില്‍ നേരിട്ട് ഇടപെടാന്‍ കരുണാകരന് നടത്തിയ ശ്രമങ്ങളെ രവി എതിര്‍ക്കുക കൂടി ചെയ്തതോടെ എങ്ങനെയും ആഭ്യന്തര വകുപ്പ് ഏറ്റെടുക്കാന്‍ അദ്ദേഹം തീരുമാനിച്ചു. അതിന് വേണ്ടി അദ്ദേഹം പ്രതിച്ഛായാ വിവാദം ഉയര്‍ത്തിവിട്ടു. മന്ത്രിസഭയുടെ പ്രതിച്ഛായ മെച്ചപ്പെടുത്തുവാന്‍ ചില അഴിച്ചുപണികള്‍ ആവശ്യമാണെന്ന വാദമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്. വയലാര്‍ രവിയും ധനകാര്യമന്ത്രിയായിരുന്ന കെ.എം.മാണിയുമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഉന്നം. നീണ്ടുനിന്ന വിവാദങ്ങള്‍ക്കൊടുവില്‍ വയലാര്‍ രവിയില്‍നിന്ന് ആഭ്യന്തരവും മാണിയില്‍നിന്ന് ധനകാര്യവും കരുണാകരന് ഏറ്റെടുത്തു. പകരം അപ്രധാനമായ കൃഷിയും ജലസേചനവും അവര്‍ക്ക് നല്‍കി. വയലാര്‍ രവി മന്ത്രിസഭയില്‍നിന്ന് രാജിവെച്ചു. മാണി അപമാനം സഹിച്ചും മന്ത്രിസഭയില്‍ തുടര്‍ന്നു. രവിയോടൊപ്പം യുഡിഎഫ് കണ്‍വീനറായിരുന്ന ഉമ്മന്‍ചാണ്ടിയും രാജിവെച്ചു. അതോടെ ഗ്രൂപ്പ് യുദ്ധം മൂര്‍ദ്ധന്യതയിലെത്തി.
പരസ്പരം പോരടിച്ച് ഇരു ഗ്രൂപ്പുകളും രണ്ട് പാര്‍ട്ടികളെ പോലെ പ്രവര്‍ത്തിച്ചിരുന്ന സമയത്താണ് 1987ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പ് നടന്നത്. തോല്‍വി ഇരന്നു വാങ്ങുകയായിരുന്നു. റിബലുകളും പാരവെപ്പുകളും പാലം വലികളുമായി മുന്നണി ശൈഥില്യത്തിന്റെ ആഴങ്ങളിലായിരുന്നു. തെരഞ്ഞെടുപ്പിന് ശേഷം കരുണാകരന് പ്രതിപക്ഷ നേതാവായി തുടര്‍ന്നപ്പോള്‍ ആന്‍ണി കെപിസിസി പ്രസിഡന്റായി തിരിച്ചെത്തി. ഇതിനിടെ കരുണാകരന്റെ മകന്‍ കെ.മുരളീധരനെ രാഷ്ട്രീയത്തില്‍ സജീവമാക്കാനുള്ള നീക്കങ്ങള്‍ ആരംഭിച്ചിരുന്നു. മുരളി സേവാദളിന്റെ സംസ്ഥാന ചെയര്‍മാനായി. 89ലെ പാര്‍ലമെന്റ് തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ കോഴിക്കോട് സീറ്റ് മുരളിക്ക് നേടിയെടുത്തു. താന്‍ മൂത്രമൊഴിക്കാന്‍ പോയ സമയത്ത് ആന്റണിയാണ് മുരളിയുടെ പേര് ലിസ്റ്റില്‍ ഉള്‍പ്പെടുത്തിയത് എന്നാണ് കരുണാകരന് പറഞ്ഞത്. പക്ഷെ ആ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ എ ഗ്രൂപ്പില്‍ വലിയ പൊട്ടിത്തെറികളാണ് സൃഷ്ടിച്ചത്. വയലാര്‍ രവിക്കും കോണ്‍ഗ്രസ് എസില്‍നിന്ന് തിരിച്ചെത്തിയ പി.സി. ചാക്കോയ്ക്കും മത്സരിക്കണമെന്ന് ആഗ്രമുണ്ടായിരുന്നു. അവര്‍ക്ക് സീറ്റ് നേടിയെടുക്കാന്‍ ആന്റണി ആത്മാര്‍ത്ഥമായ ശ്രമങ്ങള്‍ നടത്തിയില്ല എന്ന് വിശ്വസിച്ച ഇരുവരും ഗ്രൂപ്പ് വിട്ട് കരുണാകരനോട് അടുത്തു. എ ഗ്രൂപ്പിന്റെ സ്ഥാപക നേതാവ് ഐ ഗ്രൂപ്പില്‍ ചേര്‍ന്നത് എ ഗ്രൂപ്പിലെ സാധാരണ പ്രവര്‍ത്തകര്‍ക്ക് വലിയ ആഘാതമായിരുന്നു.
