മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തുനിന്ന് മാറ്റിയതിന് പിന്നാലെ ദിര്‍ഘകാല അവധിക്ക് അപക്ഷ നല്‍കി എം ശിവശങ്കര്‍. ഡിപ്ലൊമാറ്റിക് ബാഗേജില്‍ സ്വര്‍ണ്ണക്കടത്ത് നടത്തിയതില്‍ ആരോപണ വിധേയയായ സ്വപ്‌ന സുരേഷ് ഉള്‍പ്പെടെയുള്ളവരുമായി അടുത്ത ബന്ധമുണ്ടെന്ന് ശിവശങ്കറിനെതിരെ ആക്ഷേപം ഉയര്‍ന്നതോടെയാണ് ഇദ്ദേഹത്തെ മാറ്റിയത്. അതേസമയം ഐടി വകുപ്പ് സെക്രട്ടറി എന്ന സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് മാറ്റിയിരുന്നില്ല. ഇക്കാര്യത്തില്‍ തീരുമാനം പിന്നീടാണെന്നാണ് മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഓഫീസ് അറിയിച്ചിരുന്നത്. ഇതിനിടെയാണ് അദ്ദേഹം അവധിക്ക് അപേക്ഷ നല്‍കിയിരിക്കുന്നത്. മിര്‍ മുഹമ്മദ് ഐഎഎസിനാണ് പകരം ചുമതലയെന്ന് സര്‍ക്കാര്‍ വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു. ചൊവ്വാഴ്ച രാവിലെ എം ശിവശങ്കറിനെ മുഖ്യമന്ത്രി വിളിപ്പിച്ച് ആശയവിനിമയം നടത്തി. ഓഫീസിനെ സംശയത്തിന്റെ നിഴലിലാക്കിയതില്‍ മുഖ്യമന്ത്രി കടുത്ത അമര്‍ഷം രേഖപ്പെടുത്തിയിരുന്നു.
നിരപാരാധിയെന്ന് തെളിയും വരെ ശിവശങ്കറിനെ മാറ്റി നിര്‍ത്താനാണ് സര്‍ക്കാര്‍ തീരുമാനിച്ചത്. ആരോപണങ്ങളും പുതിയ വെളിപ്പെടുത്തലുകളും വരുന്ന പശ്ചാത്തലത്തില്‍ എം ശിവശങ്കറിനെ ഉള്‍പ്പെടെ കസ്റ്റംസ് ചോദ്യം ചെയ്യാനുള്ള സാധ്യതയുണ്ട്. മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ സെക്രട്ടറിയും, ഐടി സെക്രട്ടറിയുമായിരിക്കുന്ന ഒരാള്‍ അന്വേഷണപരിധിയിലാകുന്നതോടെ മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഓഫീസ് പ്രതിക്കൂട്ടിലാകുമെന്ന സാഹചര്യം സര്‍ക്കാര്‍ മുന്നില്‍ക്കണ്ടു. സിപിഎം നേതൃത്വവും ഇത്തരത്തിലാണ് വിലയിരുത്തിയത്. ഈ പശ്ചാത്തലത്തില്‍ ശിവശങ്കറിനെ മാറ്റാന്‍ തിരുമാനിക്കുകയായിരുന്നു. ബാഗേജ് വിട്ടുകിട്ടാന്‍ പ്രതികള്‍ക്കുവേണ്ടി മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഓഫീസിലെ രണ്ട് ഉന്നതര്‍ ഇടപെട്ടെന്ന് പ്രതിപക്ഷം ആരോപണം ഉയര്‍ത്തിയിട്ടുണ്ട്.
