രാജീവ് ഗാന്ധിയുടെ രക്തസാക്ഷിത്വത്തിന് ശേഷം നടന്ന 1991ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ യുഡിഎഫ് വീണ്ടും അധികാരത്തിലെത്തി. പി.വി.നരസിംഹ റാവുവിനെ പ്രധാനമന്ത്രിയാക്കാന്‍ നിര്‍ണായക ഇടപെടലുകള്‍ നടത്തി കരുണാകരന്‍ രാജീവ് ഗാന്ധിയുടെ കാലത്ത് ഡല്‍ഹിയില്‍ നഷ്ടമായിരുന്ന പ്രതാപം വീണ്ടെടുത്തു. രാജ്യമാകെ കരുണാകരനെ കിങ് മേക്കര്‍ എന്ന് വിശേഷിപ്പിച്ചു. അതുകൊണ്ട് തന്നെ കേരള മുഖ്യമന്ത്രി സ്ഥാനത്തേക്ക് അദ്ദേഹത്തിന് യാതൊരു വെല്ലുവിളിയുമുണ്ടായില്ല. പക്ഷെ മന്ത്രിസഭാ രൂപീകരണം വലിയ പൊട്ടിത്തെറികളാണ് സൃഷ്ടിച്ചത്. ആന്റണി നിര്‍ദേശിച്ച വി.എം. സുധീരന്റെ പേര് കരുണാകരന്‍ നിഷ്‌കരുണം തള്ളി. മാളയില്‍ തന്നെ തോല്‍പ്പിക്കാന്‍ സുധീരന്‍ ശ്രമിച്ചു എന്നായിരുന്നു കരുണാകരന്റെ പക്ഷം. ചേര്‍ത്തലയില്‍ വയലാര്‍ രവിയുടെ തോല്‍വിയും എ ഗ്രൂപ്പ് കാലുവാരിയത് കൊണ്ടാണെന്ന ആക്ഷേപവും അദ്ദേഹത്തിനുണ്ടായിരുന്നു. എ ഗ്രൂപ്പില്‍നിന്ന് ഉമ്മന്‍ചാണ്ടിയും കെപി വിശ്വനാഥനും മന്ത്രിമാരായി. എ ഗ്രൂപ്പ് മന്ത്രിസഭയില്‍ ചേര്‍ന്നതില്‍ പ്രതിഷേധിച്ച് വി.എം. സുധീരന്‍ ഗ്രൂപ്പ് വിട്ടു.
കോണ്‍ഗ്രസ് സംഘടനാ തെരഞ്ഞെടുപ്പ് പ്രഖ്യാപിച്ചതോടെ ഗ്രൂപ്പ് വൈരം പരസ്യമായ യുദ്ധമായി മാറി. കെപിസിസി പ്രസിഡന്റ് സ്ഥാനത്തേക്ക് കരുണാകരന്‍ ഒരുകാലത്ത് തന്റെ ഏറ്റവും വലിയ വിമര്‍ശകനും ആന്റണിയുടെ ഉറ്റ ചങ്ങാതിയുമായിരുന്ന വയലാര്‍ രവിയെ സ്ഥാനാര്‍ഥിയാക്കി. രവി വിജയിച്ചു. എ ഗ്രൂപ്പ് കെപിസിസിയുമായി പൂര്‍ണ നിസ്സഹകരണം പ്രഖ്യാപിച്ചു. പക്ഷെ തിരുപ്പതി എഐസിസി സമ്മേളനത്തില്‍ വര്‍ക്കിങ് കമ്മിറ്റിയിലേക്ക് നടന്ന തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ ഏറ്റവും കൂടുതല്‍ വോട്ട് നേടുന്ന രണ്ടാമനായി എ.കെ. ആന്‍ണി വിജയിച്ചു. താമസിയാതെ കേന്ദ്രത്തില്‍ കാബിനറ്റ് മന്ത്രിയുമായി.
ഐ ഗ്രൂപ്പിലും കാര്‍മേഘങ്ങള്‍ ഉരുണ്ടുകൂടുകയായിരുന്നു. കെ.മുരളീധരന് ഭരണത്തിലും പാര്‍ട്ടിയിലും വര്‍ധിച്ചുവരുന്ന സ്വാധീനത്തില്‍ ഗ്രൂപ്പിലെ ഒരു വിഭാഗം അസ്വസ്ഥരായിരുന്നു. ജി.കാര്‍ത്തികേയന്‍, രമേശ് ചെന്നിത്തല, എം.ഐ. ഷാനവാസ് എന്നിവര്‍ ഐ ഗ്രൂപ്പ് വിട്ട് പരസ്യമായി രംഗത്തുവന്നു. തിരുത്തല്‍ വാദികള്‍ എന്നാണ് അവര്‍ അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്. ഇതില്‍ കാര്‍ത്തികേയനും രമേശും താമസിയാതെ കരുണാകരന്റെ ക്യാമ്പിലേക്ക് മടങ്ങിയെങ്കിലും ബന്ധങ്ങള്‍ പിന്നീട് ഒരിക്കലും പഴയതുപോലെയായില്ല.
രാജ്യസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണ് അടുത്ത പൊട്ടിത്തെറി ഉണ്ടാവുന്നത്. യുഡിഎഫ് ജയിക്കാവുന്ന രണ്ട് സീറ്റിലും കോണ്‍ഗ്രസ് മത്സരിക്കും എന്നായിരുന്നു പൊതു ധാരണ. ആദ്യത്തെ സീറ്റിലേക്ക് കരുണാകരന്‍ വയലാര്‍ രവിയെ നിര്‍ദേശിച്ചു. രണ്ടാമത്തെ സീറ്റിലേക്ക് ആന്‍ണി വിഭാഗം ഡോ. എം.എ. കുട്ടപ്പന്റെ പേര് നിര്‍ദേശിച്ചു. എ ഗ്രൂപ്പിന്റെ അവകാശവാദം അംഗീകരിക്കാന്‍ താല്‍പര്യമില്ലാതിരുന്ന കരുണാകരന്‍ മുസ്ലീം ലീഗിനെകൊണ്ട് സീറ്റിന് അവകാശവാദം ഉന്നയിപ്പിച്ചു. അവര്‍ക്ക് സീറ്റ് നല്‍കേണ്ടിവന്നു. വയലാര്‍ രവിയും സമദാനിയും സ്ഥാനാര്‍ഥികളായി. ഉമ്മന്‍ചാണ്ടി മന്ത്രിസഭയില്‍ നിന്ന് രാജിവെച്ച് കുരുണാകരനെതിരെ തുറന്ന യുദ്ധം പ്രഖ്യാപിച്ചു. എ.കെ. ആന്‍ണി ഡല്‍ഹിയിലേക്ക് മാറിയതോടെ എ ഗ്രൂപ്പിന്റെ നിയന്ത്രണം ഉമ്മന്‍ചാണ്ടിയിലേക്ക് എത്തിച്ചേര്‍ന്നിരുന്നു.
കരുണാകരനെ മുന്നില്‍ നിര്‍ത്തി ഇനി ഒരു തെരഞ്ഞെടുപ്പ് ജയിക്കാന്‍ കഴിയില്ലെന്ന് ഘടകകക്ഷികളെ ബോധ്യപ്പെടുത്തി, അവരുടെ കൂടെ സഹായത്തോടെ ആദ്ദേഹത്തെ മുഖ്യമന്ത്രി സ്ഥാനത്തുനിന്ന് മാറ്റുക എന്നതായിരുന്നു എ ഗ്രൂപ്പ് തന്ത്രം. കരുണാകരന്റെ എതിരാളികളെല്ലാം ഒരുമിച്ച് ചേര്‍ന്ന് പാര്‍ട്ടിക്കുള്ളിലെ ഗ്രൂപ്പ് സമവാക്യങ്ങള്‍ കരുണാകര വിഭാഗവും കരുണാകര വിരുദ്ധര്‍ എന്ന നിലയിലേക്ക് എത്തിക്കാനും ഉമ്മന്‍ചാണ്ടിക്ക് കഴിഞ്ഞു.
ഈ ഘട്ടത്തിലാണ് ഐഎസ്ആര്‍ഒ ചാരക്കേസ് ഉയര്‍ന്നു വരുന്നത്. കരുണാകരനുമായി അടുപ്പമുണ്ടായിരുന്ന ഐപിഎസ് ഉദ്യോഗസ്ഥനായ രമണ്‍ ശ്രീവാസ്തവക്കും കേസുമായി ബന്ധമുണ്ടെന്ന ആരോപണം ഉയര്‍ന്നു. ശ്രീവാസ്തവയ്ക്കെതിരെ നടപടിയെടുക്കാന്‍ കരുണാകരന്‍ വിസമ്മതിച്ചപ്പോള്‍ ചാരക്കേസിലെ പ്രതികളെ മുഖ്യമന്ത്രി സംരക്ഷിക്കുന്നു എന്ന ആരോപണം ഉയര്‍ന്നു. കരുണാകരനെ മുഖ്യമന്ത്രി സ്ഥാനത്തുനിന്ന് മാറ്റാന്‍ ശ്രമിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നവര്‍ക്ക് കിട്ടിയ വജ്രായുധമായി ചാരക്കേസ് മാറി.
ബഹുഭൂരിപക്ഷം ഘടകക്ഷികളും കോണ്‍ഗ്രസിലെ ഭൂരിപക്ഷം എംഎല്‍എമാരും കരുണാകരനെ മാറ്റണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടപ്പോള്‍ നരസിംഹ റാവുവിന് അദ്ദേഹത്തോട് രാജിവെക്കാന്‍ നിര്‍ദേശിക്കേണ്ടിവന്നു. താന്‍ മുന്‍കൈ എടുത്ത് പ്രധാനമന്ത്രിയാക്കിയ റാവു തന്നോട് ഇങ്ങനെ ഒരു ചതി ചെയ്യുമെന്ന് കരുണാകരന്‍ പ്രതീക്ഷിച്ചില്ല. വ്രണിത ഹൃദയനായ അദ്ദേഹം രാജി സമര്‍പ്പിച്ചു. പതിനാറു വര്‍ഷത്തിന് ശേഷം എ.കെ. ആന്റണി വീണ്ടും കേരള മുഖ്യമന്ത്രിയായി.
ഗ്രൂപ്പുകളിയുടെ ഏറ്റവും മാരകമായ പ്രകടനമായിരുന്നു 96ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ നടന്നത്. തൃശൂരില്‍നിന്ന് ലോക്‌സഭയിലേക്ക് മത്സരിച്ച കരുണാകരന്‍ ആയിരം വോട്ടുകള്‍ക്ക് സിപിഐയിലെ വി.വി. രാഘവനോട് തോറ്റു. കരുണാകര പക്ഷത്തുനിന്നും കൂറുമാറിയ എല്ലാവരെയും ഐ ഗ്രൂപ്പുകാരും തിരഞ്ഞുപിടിച്ചു തോല്‍പ്പിച്ചു. പ്രധാനമന്ത്രി സ്ഥാനത്തേക്ക് പോലും പരിഗണിക്കപ്പെട്ടിരുന്ന കരുണാകരന്റെ തോല്‍വി അദ്ദേഹത്തിന്റെ രാഷ്ട്രീയ ജീവിതത്തിലെ ഏറ്റവും വലിയ തിരിച്ചടിയായി മാറി. പിന്നീടൊരിക്കലും ദേശീയ തലത്തിലും കേരളത്തിലും അദ്ദേഹത്തിന് പഴയ പ്രതാപം വീണ്ടെടുക്കാന്‍ കഴിഞ്ഞില്ല.
പ്രതിപക്ഷത്തായിരുന്നു അടുത്ത അഞ്ചു വര്‍ഷക്കാലം കേരളത്തില്‍ കോണ്‍ഗ്രസില്‍ വലിയ പൊട്ടിത്തെറികളൊന്നും ഉണ്ടായില്ല. കരുണാകരനില്‍നിന്നും പൂര്‍ണമായും അകന്ന ജി കാര്‍ത്തികേയനും രമേശ് ചെന്നിത്തലയും കെ.സി. വേണുഗോപാലും ചേര്‍ന്ന് മൂന്നാം ഗ്രൂപ്പും വയലാര്‍ രവിയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ നാലാം ഗ്രൂപ്പുമുണ്ടായത് ഈ കാലയളവിലാണ്. വി.ഡി. സതീശന്‍ മൂന്നാം ഗ്രൂപ്പിന്റെയും കെ.സുധാകരന്‍ നാലാം ഗ്രൂപ്പിന്റെയും ഭാഗമായിരുന്നു.
2001ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പിന്റെ കേളികൊട്ടുയരുന്നത് കോണ്‍ഗ്രസിനുള്ളില്‍ വന്‍ കോളിളക്കത്തോടെയാണ്. സ്ഥാനാര്‍ഥി പട്ടികയുടെ പ്രഖ്യാപനത്തിനു ശേഷമായിരുന്നു പടപ്പുറപ്പാട്. പട്ടികയ്‌ക്കെതിരെ കരുണാകരന്‍ പരസ്യമായി പൊട്ടിത്തെറിച്ചു. പത്മജ വേണുഗോപാലിനെ പട്ടികയില്‍നിന്ന് പുറത്താക്കിയതായിരുന്നു കരുണാകരനെ പ്രകോപിപ്പിച്ചത്. ഐ ഗ്രൂപ്പിന് വേണ്ടി ചര്‍ച്ച നടത്തിയ മുരളീധരനും പത്മജയ്ക്ക് സീറ്റ് ലഭിക്കുന്നതില്‍ വലിയ താല്‍പര്യം കാണിച്ചില്ലെന്ന ആക്ഷേപവുമുണ്ടായിരുന്നു. പ്രഖ്യാപിച്ച മൂന്ന് സ്ഥാനാര്‍ഥികളെ മാറ്റി കരുണാകരന്‍ നിര്‍ദേശിച്ചവരെ സ്ഥാനാര്‍ഥികളാക്കി പ്രശ്‌നം പരിഹരിച്ചു. തെരഞ്ഞെടുപ്പ് കഴിഞ്ഞാലുടന്‍ മുരളീധരനെ കെപിസിസി പ്രസിഡന്റാക്കാമെന്നും ധാരണയായി. യുഡിഎഫ് വന്‍ വിജയം നേടി. ആന്‍ണി മുഖ്യമന്ത്രിയും മുരളീധരന് കെപിസിസി പ്രസിഡന്റുമായി.
മന്ത്രിസഭാ രൂപീകരണ സമയത്ത് കരുണാകരന്‍ ഉമ്മന്‍ചാണ്ടിയുടെ സാധ്യത ഇല്ലാതാക്കുന്നതിനായി കെ.വി. തോമസിനെ മന്ത്രിയാക്കണമെന്ന് നിര്‍ബന്ധം പിടിച്ചു. ഉമ്മന്‍ചാണ്ടി സ്വയം പിന്‍വാങ്ങിയെങ്കിലും അത് എ ഗ്രൂപ്പില്‍ വലിയ നിരാശ പടര്‍ത്തി. കെപിസിസി പ്രസിഡന്റ് എന്ന നലിയില്‍ മുരളി മികച്ച പ്രകടനം കാഴ്ചവെക്കുകയും മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് ഉറച്ച പിന്തുണ നല്‍കുകയും ചെയ്തു. പക്ഷെ കരുണാകരന്‍ മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് അലോസരങ്ങള്‍ സൃഷ്ടിച്ചുകൊണ്ടേയിരുന്നു.
പൊട്ടിത്തെറിയുണ്ടായത് വീണ്ടും രാജ്യസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പ് കാലത്താണ്. കോണ്‍ഗ്രസിന് ലഭിച്ച രണ്ട് സീറ്റില്‍ ആദ്യത്തേത് എഐസിസി ജനറല്‍ സെക്രട്ടറിയായി ചുമതലയേറ്റിരുന്ന വയലാര്‍ രവിക്ക് നിര്‍ദേശിക്കപ്പെട്ടു. രണ്ടാമത്തെ സീറ്റിലേക്ക് കരുണാകരന്‍ കാസര്‍കോട് ജില്ലാ കോണ്‍ഗ്രസ് കമ്മിറ്റി പ്രസിഡന്റായ കോടോത്ത് ഗോവിന്ദന്‍ നായരെ നിര്‍ദേശിച്ചു. പക്ഷെ ഹൈക്കമാന്‍ഡ് തീരുമാനിച്ചത് മുരളിക്ക് വേണ്ടി കെപിസിസി പ്രസിഡന്റ് സ്ഥാനം ഒഴിയേണ്ടിവന്ന തെന്നല ബാലകൃഷ്ണ പിള്ളയെ ആണ്. കരുണാകരന്‍ കോടോത്തിനെ മത്സര രംഗത്ത് നിലനിര്‍ത്തി. രണ്ട് ഔദ്യോഗിക സ്ഥാനാര്‍ഥികളും വിജയിച്ചെങ്കിലും കാര്യങ്ങള്‍ തുറന്ന പോരിലേക്ക് നീങ്ങി.
തുടര്‍ച്ചയായി സമ്മേളനങ്ങള്‍ നടത്തി കരുണാകരന്‍ ആന്റണിയുടെ രാജിയാവശ്യപ്പെട്ടു. ആദ്യമൊക്കെ സമന്വയത്തിന്റെ വക്താവായിരുന്ന മുരളീധരനും പിന്നീട് കടുത്ത നിലപാടിലേക്ക് നീങ്ങേണ്ടിവന്നു. ജോര്‍ജ് ഈഡന്‍ മരിച്ചതിന് പിന്നാലെ നടന്ന എറണാകുളം പാര്‍ലമെന്റ് തെരഞ്ഞെടുപ്പ് തുറന്ന ബലപരീക്ഷണത്തിന്റെ വേദിയായി. സാധാരണയായി ഐ ഗ്രൂപ്പിന്റെ സ്ഥാനാര്‍ഥികളായിരുന്നു എറണാകുളത്ത് മത്സരിക്കുന്നത്. കരുണാകരന്‍ ചില പേരുകള്‍ നിര്‍ദേശിച്ചു. അവര്‍ക്കൊന്നും വിജയ സാധ്യതയില്ലെന്ന് അദ്ദേഹം തന്നെ പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ചെയ്തു. ദുര്‍ബലനായ സ്ഥാനാര്‍ഥിയെ നിര്‍ത്തി പരാജയം ഏറ്റുവാങ്ങി അതിന്റെ ഉത്തരവാദിത്തം ആന്റണിയുടെ ചുമലില്‍ ഏല്‍പ്പിക്കുക എന്നതാണ് കരുണാകരന്റെ ഗെയിം പ്ലാന്‍ എന്ന് വിലിയിരുത്തിയ എ ഗ്രൂപ്പ് തന്ത്രജ്ഞന്മാര്‍ സ്വന്തം സ്ഥാനാര്‍ഥിയെ നിര്‍ത്താന്‍ ആന്റണിയെ നിര്‍ബന്ധിച്ചു. അങ്ങനെ അവര്‍ ആലുവ മുനിസിപ്പല്‍ ചെയര്‍മാന്‍ എം.ഒ.ജോണിനെ സ്ഥാനാര്‍ഥിയക്കി. പക്ഷെ കരുണാകരന്‍ ഇടതുപക്ഷ മുന്നണി സ്ഥാനാര്‍ഥി സെബാസ്റ്റ്യന്‍ പോളിന് പിന്തുണ പ്രഖ്യാപിച്ചു. ടെലിവിഷന്‍ ആയിരുന്നു സെബാസ്റ്റ്യന്‍ പോളിന്റെ ചിഹ്നം. എല്ലാവരും ടെലിവിഷന്‍ കാണുന്നുണ്ടല്ലോ എന്ന ചോദ്യത്തിലൂടെ കരുണാകരന്‍ നയം വ്യക്തമാക്കി.
സെബാസ്റ്റ്യന്‍ പോള്‍ വിജയിച്ചു. ആ വിജയം കരുണാകരന്റെ കൂടി വിജയമായി വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെട്ടു. പല പ്രാവശ്യം കരുണാകരന്‍ പുതിയ പാര്‍ട്ടി പ്രഖ്യാപിക്കാനൊരുങ്ങിയെങ്കിലും അത് മാറ്റിവെക്കപ്പെട്ടു. ബിജെപി സര്‍ക്കാര്‍ പാര്‍ലമെന്റ് തെരഞ്ഞെടുപ്പ് നേരത്തേയാക്കിയപ്പോള്‍ വീണ്ടും ഐക്യത്തിന്റെ കാഹളം മുഴങ്ങി. മുരളിയെ മന്ത്രിയാക്കി. പത്മജയെ മുകുന്ദപുരത്ത് സ്ഥാനാര്‍ഥിയാക്കി. കരുണാകരനും ആന്റണിയും വീണ്ടും കെട്ടിപ്പിടിച്ചു.
പക്ഷെ ഫലം വന്നപ്പോള്‍ 20ല്‍ 19 സീറ്റിലും യുഡിഎഫ് പരാജയപ്പെട്ടു. നിയമസഭയിലേക്ക് മത്സരിച്ച മുരളീധരന് വടക്കാഞ്ചേരിയില്‍ തോറ്റു. പത്മജയും കരുണാകരനും ലക്ഷം വോട്ടിന് തോറ്റു. കരുണാകരന്‍ പൂര്‍ണമായി ദുര്‍ബലനായി. താമസിയാതെ പരാജയത്തിന്റെ ഉത്തരവാദിത്തം എറ്റെടുത്ത് ആന്റണി മുഖ്യമന്ത്രിസ്ഥാനം രാജിവെച്ചു. ഉമ്മന്‍ചാണ്ടി മുഖ്യമന്ത്രിയായി. കേരളത്തിലെ കോണ്‍ഗ്രസ് രാഷ്ട്രീയത്തില്‍ കെ. കരുണാകരന്‍- എ.കെ. ആന്റണി എന്ന ദ്വന്ദങ്ങള്‍ നിയന്ത്രിച്ചിരുന്ന 30 വര്‍ഷം നീണ്ട കാലഘട്ടം 2004 ഓടുകൂടി അവസാനിക്കുകയായിരുന്നു.