കൊടകര കുഴൽപ്പണ കേസ് ബിജെപിയെ പ്രതിരോധത്തിൽ ആക്കിയ സാഹചര്യത്തിൽ കേരളത്തിലെ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് ഫണ്ട് വിനിയോഗം അന്വേഷിക്കാന്‍ മൂന്നംഗ സമിതിയെ ബിജെപി നേതൃത്വം നിയോഗിച്ചു. ഇ.ശ്രീധരന്‍, സി.വി.ആനന്ദബോസ്, ജേക്കബ് തോമസ് എന്നിവർ ഉൾപ്പെട്ടതാണ് സമതി. പ്രധാനമന്ത്രിക്കും അമിത് ഷായ്ക്കുമാണ് സമതി റിപ്പോര്‍ട്ട് നൽകുന്നത്.
നിയമസഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പിലെ പരാജയത്തെക്കാൾ കൊടകര കുഴല്‍പ്പണക്കേസാണ് പാർട്ടിക്ക് ഏറെ നാണക്കെട് ഉണ്ടാക്കിയത് . സംസ്ഥാന നേതൃത്വത്തെ മാറ്റണം എന്ന ആവശ്യവും ഉയരുകയാണ്. ഈ പരാതികള്‍ അന്വേഷിച്ച് സുരേഷ് ഗോപി എം.പിയോടും റിപ്പോര്‍ട്ട് സമര്‍പ്പിക്കാന്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്.
നിയമസഭ തിരഞ്ഞെടുപ്പിലെ തോല്‍വിയും കൊടകര കുഴല്‍പ്പണക്കേസും സംബന്ധിച്ച് ബിജെപി കോര്‍കമ്മിറ്റി യോഗത്തില്‍ സംസ്ഥാന നേതൃത്വത്തിന് എതിരെ വിമർശനം ഉയർന്നിരുന്നു. സംസ്ഥാന അധ്യക്ഷാനായ കെ സുരേന്ദ്രനാണ് തിരഞ്ഞെടുപ്പ് ഫണ്ട് കൈകാര്യം ചെയ്തത്. അതുകൊണ്ടു തന്നെ വിവാദത്തിന്റെ ഉത്തരവാദിത്വം മറ്റുനേതാക്കള്‍ ഏറ്റെടുക്കേണ്ടതില്ലെന്നാണ് ഒരു വിഭാഗം നേതാക്കള്‍ കോർകമ്മറ്റി യോഗത്തിൽ അഭിപ്രായപ്പെട്ടത്. എന്നാല്‍ വി മുരളീധരന്‍ പക്ഷം കെ സുരേന്ദ്രനെ പിന്തുണച്ചു. പാര്‍ട്ടി നേതാക്കള്‍ക്ക് എതിരെ മെഡിക്കല്‍ കോഴ ആരോപണം ഉയര്‍ന്നപ്പോള്‍ ഒറ്റകെട്ടായി നിന്നാണ് പാർട്ടി അതിനെ പ്രതിരോധിച്ചതെന്ന് മുരളീധരൻ പക്ഷം വാദിച്ചു.